|
|
Vypracování a zavedení metodiky na stanovení osových proteinů
Hruzík, Ondřej ; Buňka, František (oponent) ; RNDr.Karel Gebauer (vedoucí práce)
Osový protein agrekanu má významný podíl na správnou funkci kloubní chrupavky. Jeho nedostatek nebo strukturální porušení může být příčinou její nedostatečné funkce. Pro studium produkce agrekanu byla použita kultura chondrocytů získaná z vepřové kloubní chrupavky. Jednovrstevná kultivační metoda poskytuje modelový systém, který umožnil sledovat produkci agrekanu do růstového média. Syntéza agrekanu byla v médiu stimulována přídavkem L-methioninu, L-serinu a seleničitanu sodného pentahydrátu. Methionin a serin jsou prekurzory sirné aminokyseliny cysteinu, jejíž role je pro správnou funkci osového proteinu nezastupitelná. Zvýšený obsah cysteinu by mohl nasvědčovat zvýšené produkci osového proteinu. Růstová média a chondrocyty byly po kyselé nebo oxidativní hydrolýze analyzovány pomocí automatického analyzátoru aminokyselin. Analýzou bylo určeno aminokyselinové zastoupení. Hlavní pozornost byla věnována cysteinu. Měnící se koncentrace této aminokyseliny nám ukazovala, zda jsou prekurzory v přídavku využity na její tvorbu a tedy zda je možné těmito prekurzory produkci osového proteinu stimulovat. Výsledky jsou diskutovány v závěru práce. Dalším krokem by mělo být zjištění koncentrace syntetizovaného agrekanu imunologickou metodou. V současné době je tato metoda finančně velmi náročná, proto byla zvolena pro první orientační testy metoda stanovení produkce osového proteinu agrekanu pomocí vhodné aminokyseliny.
|
|
|
Exploring novel strategies targeting HBV
Šmilauerová, Kristýna ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Přestože již existuje účinná a bezpečná vakcína proti viru hepatitidy B, nemocnost a úmrtnost na tuto nemoc jsou stále vysoké. Klíčem k vývoji spolehlivé léčby je detailní znalost životního cyklu viru a funkcí všech jeho složek. V předkládané práci jsme zkoumali interaktom kapsidového proteinu viru hepatitidy B. Použitím identifikační metody závislé na proximitní biotinylaci (BioID) spojené s hmotnostní spektrometrií jsme identifikovali seznam potenciálních proteinových kandidátů, kteří jsou buď významně nabohaceni (celkem 105 proteinů) nebo méně zastoupeni v buňce v přítomnosti kapsidového proteinu HBV (40 proteinů). Seznam také zahrnuje známé proteiny interagující s kapsidovým proteinem HBV: SRPK1 a SRPK2 a protein p53, o jehož expresi je známo, že je potlačen v důsledku interakce kapsidového proteinu HBV s transkripčním faktorem E2F1. Mnoho z nově identifikovaných možných proteinů interagujících s kapsidovým proteinem HBV se podílí na biologických procesech, u kterých je již známo nebo u nichž existuje podezření, že jsou ovlivněny HBV, jako jsou translační a transportní procesy nebo genová exprese a produkce makromolekul. Tato práce komplexně charakterizuje interaktom kapsidového proteinu HBV v živých buňkách a může tedy sloužit jako spolehlivý začátek pro hloubkovou analýzu interakce...
|
|
|
Minoritní proteiny viru hepatitidy typu C
Zeman, Jakub ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Virus žloutenky typu C (HCV) je hlavním původcem chronických onemocnění jater. Po celém světě je v současnosti více než 170 milionů chronicky infikovaných osob, u více jak 100 tisíc z nich se ročně rozvine hepatocelulární karcinom. HCV náležící do čeledi Flaviviridae je obalený jednořetězcový RNA virus s pozitivním vláknem (+ssRNA virus), jehož genom kóduje polyproteinový prekursor, z kterého vzniká pro štěpení buněčnými a virovými proteasami 10 virových proteinů. Mimo to je však virem kódován ještě minoritní protein v alternativním čtecím rámci. Tento protein vzniká v několika možných variantách posunem čtecího rámce či iniciací translace na vnitřních startovacích kodonech. Přes deset let výzkumu není jeho role in vivo v současné době známa. Ukazuje se, že pro robustní virovou translaci a replikaci jsou spíše než přítomnost minoritních proteinů důležité sekundární struktury v core oblasti genomu HCV. Mutace narušující tyto struktury můžou mít za následek zpomalení kinetiky virového cyklu, ale i, jak naznačuje nejnovější studie, zcela neobvyklý sérologický profil u pacientů a zvýšenou míru exprese minoritního proteinu.
|
|
|
Exploring novel strategies targeting HBV
Šmilauerová, Kristýna ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Přestože již existuje účinná a bezpečná vakcína proti viru hepatitidy B, nemocnost a úmrtnost na tuto nemoc jsou stále vysoké. Klíčem k vývoji spolehlivé léčby je detailní znalost životního cyklu viru a funkcí všech jeho složek. V předkládané práci jsme zkoumali interaktom kapsidového proteinu viru hepatitidy B. Použitím identifikační metody závislé na proximitní biotinylaci (BioID) spojené s hmotnostní spektrometrií jsme identifikovali seznam potenciálních proteinových kandidátů, kteří jsou buď významně nabohaceni (celkem 105 proteinů) nebo méně zastoupeni v buňce v přítomnosti kapsidového proteinu HBV (40 proteinů). Seznam také zahrnuje známé proteiny interagující s kapsidovým proteinem HBV: SRPK1 a SRPK2 a protein p53, o jehož expresi je známo, že je potlačen v důsledku interakce kapsidového proteinu HBV s transkripčním faktorem E2F1. Mnoho z nově identifikovaných možných proteinů interagujících s kapsidovým proteinem HBV se podílí na biologických procesech, u kterých je již známo nebo u nichž existuje podezření, že jsou ovlivněny HBV, jako jsou translační a transportní procesy nebo genová exprese a produkce makromolekul. Tato práce komplexně charakterizuje interaktom kapsidového proteinu HBV v živých buňkách a může tedy sloužit jako spolehlivý začátek pro hloubkovou analýzu interakce...
|
|
|
Minoritní proteiny viru hepatitidy typu C
Zeman, Jakub ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Virus žloutenky typu C (HCV) je hlavním původcem chronických onemocnění jater. Po celém světě je v současnosti více než 170 milionů chronicky infikovaných osob, u více jak 100 tisíc z nich se ročně rozvine hepatocelulární karcinom. HCV náležící do čeledi Flaviviridae je obalený jednořetězcový RNA virus s pozitivním vláknem (+ssRNA virus), jehož genom kóduje polyproteinový prekursor, z kterého vzniká pro štěpení buněčnými a virovými proteasami 10 virových proteinů. Mimo to je však virem kódován ještě minoritní protein v alternativním čtecím rámci. Tento protein vzniká v několika možných variantách posunem čtecího rámce či iniciací translace na vnitřních startovacích kodonech. Přes deset let výzkumu není jeho role in vivo v současné době známa. Ukazuje se, že pro robustní virovou translaci a replikaci jsou spíše než přítomnost minoritních proteinů důležité sekundární struktury v core oblasti genomu HCV. Mutace narušující tyto struktury můžou mít za následek zpomalení kinetiky virového cyklu, ale i, jak naznačuje nejnovější studie, zcela neobvyklý sérologický profil u pacientů a zvýšenou míru exprese minoritního proteinu.
|
|
|
Vypracování a zavedení metodiky na stanovení osových proteinů
Hruzík, Ondřej ; Buňka, František (oponent) ; RNDr.Karel Gebauer (vedoucí práce)
Osový protein agrekanu má významný podíl na správnou funkci kloubní chrupavky. Jeho nedostatek nebo strukturální porušení může být příčinou její nedostatečné funkce. Pro studium produkce agrekanu byla použita kultura chondrocytů získaná z vepřové kloubní chrupavky. Jednovrstevná kultivační metoda poskytuje modelový systém, který umožnil sledovat produkci agrekanu do růstového média. Syntéza agrekanu byla v médiu stimulována přídavkem L-methioninu, L-serinu a seleničitanu sodného pentahydrátu. Methionin a serin jsou prekurzory sirné aminokyseliny cysteinu, jejíž role je pro správnou funkci osového proteinu nezastupitelná. Zvýšený obsah cysteinu by mohl nasvědčovat zvýšené produkci osového proteinu. Růstová média a chondrocyty byly po kyselé nebo oxidativní hydrolýze analyzovány pomocí automatického analyzátoru aminokyselin. Analýzou bylo určeno aminokyselinové zastoupení. Hlavní pozornost byla věnována cysteinu. Měnící se koncentrace této aminokyseliny nám ukazovala, zda jsou prekurzory v přídavku využity na její tvorbu a tedy zda je možné těmito prekurzory produkci osového proteinu stimulovat. Výsledky jsou diskutovány v závěru práce. Dalším krokem by mělo být zjištění koncentrace syntetizovaného agrekanu imunologickou metodou. V současné době je tato metoda finančně velmi náročná, proto byla zvolena pro první orientační testy metoda stanovení produkce osového proteinu agrekanu pomocí vhodné aminokyseliny.
|
host ::
RSS.